Hoewel het Instituut officieel is opgericht op 25 november 1935, begint de geschiedenis in de twintiger jaren van de twintigste eeuw. In die jaren behoorde Nicolaas Wilhelmus Posthumus (1880-1960) tot de pioniers van de moderne economische geschiedenis in Nederland. In 1913 werd hij de eerste hoogleraar in de economische geschiedenis. Een jaar later richtte hij het Nederlandsch Economisch-Historisch Archief (NEHA) op, het begin van wat uiteindelijk een indrukwekkende lijst van 15 door hem geïnitieerde instellingen is geworden.
Het NEHA concentreerde zich op het bewaren van archieven van bedrijven en verwante organisaties, en het verzamelen van andere bronnen relevant voor de economische geschiedenis. De groei van het aantal boeken en andere gedrukten bij dit archief leidde tot de oprichting van de Economisch-Historische Bibliotheek (EHB) in 1932. Posthumus was een verzamelaar met een brede visie en verzamelde daarom ook materiaal van personen en organisaties uit de Nederlandse arbeidersbeweging.
Aan het begin van de jaren dertig waren er twee onafhankelijke ontwikkelingen die de oprichting van het Internationaal Instituut voor Sociale Geschiedenis wenselijk maakten. Ten eerste vroegen de door het NEHA verzamelde sociaal-historische collecties om een speciale benadering. Ten tweede was er de verslechterende politieke situatie in Midden- en Oost Europa gedurende deze jaren. De machtsgreep van Hitler en de ontwikkelingen in de Sovjet-Unie maakten dat mensen van allerlei overtuigingen binnen de arbeidersbeweging bedreigd raakten, en hun verzamelingen evenzo. Posthumus zette zich in om juist dat materiaal te redden, zeker als men ervan kon zijn dat het, in de verkeerde handen gevallen, vernietigd zou worden, of in het gunstigste geval voor vele jaren niet meer beschikbaar zou zijn voor onafhankelijk wetenschappelijk onderzoek.
Hij had een onafhankelijk neutraal wetenschappelijk instituut voor ogen, en had het geluk om juist in die jaren in contact te komen met Nehemia de Lieme, directeur van de Centrale, een verzekeringsmaatschappij verbonden met de sociaal-democratische beweging. Statutair doneerde deze maatschappij een deel van haar winst aan culturele doeleinden ten behoeve van de arbeidersbeweging. De Lieme raakte overtuigd van het belang van Posthumus' initiatief, en de Centrale steunde het Instituut in de jaren vóór 1940 op ongewoon ruime schaal.
In 1935-1940 was alle aandacht gericht op het redden van materiaal uit heel Europa. De belangrijkste collectie die in deze jaren werd verworven was de nalatenschap van Marx en Engels. De ongekend actieve eerste bibliothecaresse van het Instituut, Annie Adama van Scheltema, smokkelde handschriften van Bakunin (een onderdeel van de beroemde Nettlau-collectie) Oostenrijk uit, vlak nadat de Nazi's Wenen waren binnen gemarcheerd. Ook de bibliotheken en archieven van uit Rusland gevluchte Mensjewieken en Sociaalrevolutionairen werden naar Amsterdam gebracht. Als laatste van deze zeer korte opsomming moeten hier de archieven van de CNT en de FAI worden genoemd. Slechts enkele weken voordat Franco in mei 1939 de laatste Republikeinse gebieden in Noord-Spanje veroverde werden deze in de Pyreneeën in veiligheid gebracht.
Hoe ernstig de archieven die het IISG verzamelde gevaar liepen bleek ook toen in november 1936 ingebroken werd in het Parijse filiaal. Daarbij werden stukken van Trotsky gestolen, naar alle waarschijnlijkheid door agenten van Stalins geheime dienst. Deze diefstal bracht Trotsky ertoe zijn archief in de Verenigde Staten in veiligheid te brengen.
Tweede Wereldoorlog
Met vooruitziende blik vestigde Posthumus een dependance van het Instituut in Engeland. Hier werden de kostbaarste archieven in veiligheid gebracht toen hem, ondanks het akkoord van München, duidelijk werd dat de oorlogsdreiging niet voorbij was en zelfs niet aan de grenzen van het neutrale Nederland halt zou houden. Inderdaad stonden er luttele dagen na de bezetting van Nederland in mei 1940 Duitse functionarissen op de stoep, en op 15 juli werd het Instituut op last van de Sicherheitdienst gesloten. Het personeel werd naar huis gestuurd en de Einsatzstab Rosenberg zette een eigen staf aan het werk.
Ofschoon veel materiaal in veiligheid was gebracht, ging het naar alle maatstaven nog steeds om een grote verzameling. De bibliotheek alleen al werd geschat op ongeveer 300.000 titels. Ook waren er nog (delen van) belangrijke Nederlandse archieven aanwezig, zoals dat van de SDAP. De Duitse bureaucratie was onderling verdeeld over de bestemming van de collectie. Gaandeweg werden er delen van de collectie naar Duitsland afgevoerd om te worden gebruikt voor verschillende doeleinden. In september 1944 werd het restant van de collectie weggehaald. Dat geheel werd in 12 rijnaken naar het Oosten verscheept.
Pas in 1946 werd het grootste deel van dit materiaal teruggevonden bij Hannover, in de Engelse bezettingszone, en naar Amsterdam teruggebracht. Ander materiaal, dat zich in Oost-Europa bevond, kwam trager terug, zoals het SDAP-archief, dat in 1956 en 1957 uit Polen werd geretourneerd. In 1991, na de mislukte coup in Moskou, kwam aan het licht dat ook daar nog IISG materiaal is te vinden, dat al die jaren bewaard is gebleven in een aparte archiefinstelling.
Herstel
Het duurde ongeveer tien jaar voordat het Instituut weer op orde was. Letterlijk alles bleek ontvreemd toen na 5 mei 1945 de schade kon worden opgemaakt; er was geen catalogus, geen meubilair, geen kast, geen typemachine etc. Ook daardoor kostte het veel tijd precies vast te stellen wat er van de collectie verloren was gegaan. Toen de balans eenmaal was opgemaakt, bleek de omvang van het verlies relatief gering. Gedurende de jaren '50 werkte het IISG aan het op orde brengen van archief en bibliotheek. De financiële situatie was lastig, aangezien De Centrale niet meer op een zelfde schaal als voor de oorlog kon subsidiëren. Met de hulp van de Universiteit van Amsterdam, de gemeente Amsterdam en dankzij geld ontvangen in het kader van de Wiedergutmachung begon het Instituut aan een langzaam herstel.
In de jaren zestig en zeventig profiteerde het IISG van de groeiende interesse in de geschiedenis van de sociale bewegingen en ideeën. Ook nam het de oude taak weer op van het redden van archieven en bibliotheken van vervolgde mensen en organisaties. Zo vond in de jaren zeventig vooral materiaal uit Latijns Amerika een veilig onderkomen in Amsterdam. In de jaren tachtig werden er acties ondernomen om collecties van Turkse partijen, vakbonden en personen een veilige plaats te geven.
Sinds de jaren negentig richt het instituut zich vooral op bewegingen buiten Europa, al blijft Nederland natuurlijk een zwaartepunt. Ook worden sindsdien grote digitale bestanden verzameld of zelf opgebouwd, zoals de Historische Steekproef Nederland. Het verzamelde materiaal dient als een van de grondslagen voor het onderzoek van het IISG, dat ‘global labour history’ als thema heeft. Het gaat daarbij om de wereldwijde geschiedenis van arbeid en arbeidsverhoudingen, waarbij de rol van de werkende mens zelf centraal staat. Daarom werkt het IISG ook samen met onderzoeksinstellingen in alle werelddelen.
Sinds 1979 is het IISG een instituut van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW). Voor de groeiende collecties en het steeds grotere aantal medewerkers werd in 1989 onderdak gevonden in een voormalig cacaopakhuis aan de Cruquiusweg in Amsterdam. Daar vond een hereniging plaats met de EHB, en kwam het Persmuseum als zelfstandige instelling inwonen.
