Het IISG is de belangrijkste bewaarplaats van anarchistische documenten ter wereld. Een grote anarchisme-collectie behoorde tot de eerste aanwinsten van het Instituut in 1935: de boeken en archieven van Max Nettlau, bijgenaamd "Herodotus van de Anarchie". De uitzonderlijke verzameling van laatstgenoemde bevatte onder meer de papieren van Michael Bakoenin plus zeer uitgebreide documentatie over deze Russische anarchist en diens netwerk. Nettlau's correspondentie met anarchisten over de gehele wereld is op zichzelf al een prachtige historische bron. Zijn bibliotheek is en blijft de grootste privé-collectie die ooit op dit terrein is bijeengebracht.
Alle facetten van het anarchisme zijn op het IISG vertegenwoordigd: van individuele 'terroristen' tot vredesinitiatieven, van intellectuelen en kunstenaars tot in Japan en China tot anarchistische massabewegingen die in Spanje ten tijde van de Spaanse Burgeroorlog en in Latijns-Amerika een rol van betekenis speelden. Microfilms van archieven in andere archiefinstellingen completeren de collecties van het IISG (bijvoorbeeld de archieven John Mackay, Louise Michel, Kropotkin, Elisée Reclus in Moskou).
Alle collecties en collectie-items zijn te vinden via de IISG catalogus. Het IISG is bezig zijn belangrijkste archieven te digitaliseren. Documenten in de archieven van Max Nettlau, Emma Goldman en vele anderen zijn onlne te bekijken en te downloaden.